工程竣工之时，为了掩盖其罪恶勾当，将全部劳工秘密杀害。
为做试验死在这两个部队的朝鲜人、蒙古人、美国人、朝鲜人和苏联人不计其数。
仅在731部队这个秘密魔窟，1942年11月到1945年8月的近3年时间，就有三四千人在试验中丧生，死后即被投入炼人炉。
石井把抓来的人统统称为“原木”，进行编号。
以他们进行的试验名目繁多，手段极其残忍。
有的是把细菌液注入人体，推进透明的隔离室里，在外面观察“原木”病变情形；有的是让“原木”饮用染菌水和口服染菌食物，然后观察他们的病变情景。
还进行毒气试验，冻伤治疗试验，真空环境试验，及活人解剖。
石井对菌液注射实验特别重视，每天都指使部属对“原木”进行试验。
他们把“原木”的衣服脱光，关在透明的隔离室，强行往他们身上注射鼠疫菌液。
数小时后，这些人便淋巴腺红肿，面部和胸部变成紫黑色，其余部位皮肤呈暗红色。
这些“原木”在极其痛苦中死后，便被投入炼人炉灭迹。
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