当然，F22也不是没有缺点。
由于F－22是根据上世纪80年代ATF计划研制，ATF计划主要目标是深入到前苏联境内夺取制空权，掩护B－2轰炸机进行突防，因此F－22和其前辈F－15一样，没有一磅重量用于对地攻击，同时考虑到隐身能力，所以F－22虽然装备了LINK－16终端，但是只收不发，这样实际上造成了F－22性能比较单一，用途有限的缺点，特别是不能通过数据链与其他作战飞机进行信息交换。
因而F－22虽然有强大的信息获取能力，却无法向其他作战单元提供信息支援，根据有关资料，F－22的ALR－94型电子支援侦察系统具备组合了雷达告警、电子支援措施（E**）、精确测向和窄波束交替搜索与跟踪功能。
在高空巡航时可以接收到超过300公里以外的对方电子信号，大范围及高精度的探测能力让传统的E**突破了防御性的限制，成为探测、跟踪与攻击目标的关键设备。
但是缺少数据链设备，让ALR－94获得的目标却无法传递给外部指挥控制系统，形成了F－22的信息孤岛现象，这显然在一定程度上降低了整体作战系统的能力。在后来的一系列升级中，对F－22的数据链的改进都被列入重点项目。
另外由于最初的定位原因，F－22最初设计时并没有考虑过对地打击。但从上世纪90年代以来几场空战经验来看，美国空军一般开战之初就掌握了绝对的制空权，这样没有对地攻击能力的F－15基本上在战争中后期处于无所事事的状态，显然这也是个浪费。
特别是进入新世纪，美国空军的F－117型攻击机因为老化和维护费用等原因退役，这样美国空军失去了战区隐身攻击能力，势必加重现有B－2战略轰炸机的负担。
因此美国空军对F－22的作战能力也做了相应的调整，增加了对地攻击能力，与F－117相比，F－22最大的特点就是集空战和对地攻击能力于一身，可以同时挂载空空导弹和空地武器，在执行空战任务后对地面目标进行攻击，不需要专门的护航机队。
对美国空军而言，这些都是小问题，依靠后续一系列改进计划，F22在未来十年内依然可以保证其世界上战斗力最强的战斗机地位，
在F22服役前，美国军方曾经对F－22的维修和后勤方面提出了一系列要求。
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